صنفت جامعة القاضي عياض من بين الجامعات الأفضل أداء في مجال العلوم الطبيعية في إفريقيا، حيث جاءت في المراكز العشرين في تصنيف Nature Index.
وقد احتلت جامعة القاضي عياض المرتبة 17 في أحدث تصنيف لمؤشر الطبيعة (Nature Index) لأفضل الجامعات الإفريقية في مجال العلوم الطبيعية، الذي تم إنشاؤه في عام 2014، وهو عبارة عن قاعدة بيانات مفتوحة لانتماءات المؤلفين والعلاقات المؤسسية، يقوم بتقييم الجامعات على أساس إنتاجها العلمي في العلوم الطبيعية من خلال تتبع المساهمات في المقالات البحثية المنشورة في المجلات الرائدة في العلوم الطبيعية وعلوم الصحة، والتي يتم اختيارها على أساس سمعتها من قبل لجنة مستقلة من الباحثين.
ويمكن أيضا قياس هذا التصنيف حسب مجالات البحث الفردية مثل علوم الحياة أو الكيمياء أو الفيزياء أو علوم الأرض مع المؤسسات الرائدة في كل من هذه المجالات، وقد صمم عن طريق نيتشر بورتفوليو، وقد أٌدرجت أكثر من 10000 مؤسسة في المؤشر.
